De nouvelles recherches ont mis en évidence une caractéristique préoccupante chez les nouveau-nés, susceptible d’affecter gravement leur santé future
Bien qu’une partie du microbiote intestinal puisse être transmise de la mère à l’enfant in utero, on pensait jusqu’alors que le microbiote intestinal du nouveau-né était quasi stérile, acquis principalement lors de l’accouchement ou par l’allaitement.
Or, de nouvelles découvertes pourraient bien contredire cette hypothèse, d’après une étude présentée lors du congrès mondial 2026 de la Société européenne de microbiologie clinique et des maladies infectieuses.
Les chercheurs ont analysé des échantillons de selles de 105 nourrissons admis en unité de soins intensifs néonatals dans les 72 premières heures de vie afin de détecter les premiers stades d’exposition microbienne et génétique.
Des gènes de résistance aux antibiotiques (GRA), des segments d’ADN permettant aux bactéries de survivre aux effets des antibiotiques, ont été identifiés chez les nouveau-nés étudiés.
Ce phénomène pourrait potentiellement permettre aux bactéries d’échapper aux traitements antibiotiques chez l’enfant plus tard.
Nombreux sont ceux qui attribuent ce problème à la surconsommation d’antibiotiques, qui induit une résistance chez la mère, laquelle se transmet ensuite au fœtus, entraînant de graves problèmes de santé pour l’enfant.
Ces nouvelles découvertes suggèrent que le microbiote intestinal du nouveau-né, influencé par des facteurs maternels et environnementaux, pourrait être exposé à des bactéries dès la grossesse.
Les chercheurs ont également identifié divers gènes associés à la résistance aux antibiotiques couramment utilisés, notamment ceux qui dégradent certains médicaments.
« Cette découverte suggère qu’un profil de gènes de résistance aux antibiotiques (GRA) est déjà établi à ce stade », a déclaré le Dr Argyro Ftergioti, auteur principal de l’étude, dans un communiqué de presse.
« L’intestin du nouveau-né abrite un résistome diversifié, et la présence de GRA cliniquement importants si tôt dans la vie est préoccupante », a-t-il ajouté.
L’étude a également mis en évidence des liens entre les gènes de résistance et plusieurs facteurs maternels et néonataux,
tels que l’hospitalisation de la mère pendant la grossesse ou la pose d’un cathéter veineux central (tube servant à l’administration de médicaments ou de nutrition entérale) dans les 24 premières heures de vie.
L’accumulation de gènes de résistance aux antibiotiques avant la naissance est principalement déterminée par la transmission maternelle (le passage de bactéries ou de microbes de la mère à l’enfant pendant la grossesse, l’accouchement ou l’allaitement), l’accouchement et les premières expositions hospitalières.
« Bien que la présence de certains gènes de résistance aux antibiotiques (ARG) fût attendue, leur forte prévalence dans la majorité des échantillons était frappante », a ajouté Ftergioti.
Si la flore intestinale des nouveau-nés est essentielle au développement de leurs systèmes immunitaire, digestif et nerveux, un microbiote intestinal sain est nécessaire pour les protéger des infections, des allergies et des futures maladies chroniques, telles que l’asthme, le trouble déficitaire de l’attention avec hyperactivité (TDAH) et le diabète.
Des études antérieures ont révélé que les nouveau-nés possèdent une flore intestinale beaucoup plus riche qu’on ne le pensait, contenant quelque 10 000 espèces virales, soit dix fois plus que le nombre d’espèces bactériennes chez un enfant moyen.
« Bien que des recherches supplémentaires soient nécessaires pour comprendre comment le portage précoce de gènes de résistance influence le développement du microbiome et le risque d’infection, ces résultats soulignent l’importance de la surveillance, de la prévention et du contrôle des infections en néonatalogie », a déclaré Ftergioti.
